微生物体系是一个特殊的生态系统，微生物种群包括腐生微生物、共生微生物和致病微生物。一般来说，包括猪在内的动物胃肠道主要由共生菌和过渡菌（包括病原体）相互作用组成。寻找改善农场动物健康的新方法值得养猪行业的特别关注，因为仔猪断奶前后的死亡率是行业面临的一个主要问题，行业平均水平约为15%。借鉴对人类早期微生物定植与胃肠道健康之间关系的理解，有理由认为培育健康的肠道微生物群有助于仔猪的存活和健康。
1 产前微生物的获得
长期以来，人们认为动物的胃肠道在分娩前是无菌的，当胎儿从子宫羊膜囊内的无菌环境通过产道过渡到微生物密集的外界环境时，微生物群的发育就开始了。然而，最近从健康新生儿的胎粪和剖腹产获得的小鼠羊水中分离出了细菌（经鉴定主要是肠球菌属和葡萄球菌属）。这表明胎儿和羊水并非完全无菌，可能存在产前母婴共生细菌。子宫内的微生物定植是否发生在猪只身上，目前尚不清楚。胎盘的差异（血绒毛膜与上皮绒毛膜）可能会影响微生物的转移能力；分娩方式对微生物种群的定植也有影响。近年来，人们广泛研究了分娩方式对婴儿肠道微生物的影响，与自然分娩相比，剖腹产婴儿的微生物丰富度和多样性降低，过敏性疾病发病率增加。虽然剖腹生产在养猪行业是不太可能，但这项研究充分说明了出生时微生物的接触对未来健康状况具有长期影响。
2 产后微生物的获得
哺乳期接触母体粪便影响了仔猪肠道微生物群、生长和存活，及时清除母猪粪便有利于改善哺乳仔猪肠道微生物群和健康。仔猪在出生后不同时期胃肠道中检测到的细菌样本见表1。
出生后3h，以梭菌科（Clostridiaceae）和肠杆菌科（Enterobacteriaceae）等需氧菌为主；出生后6h，观察到链球菌（Streptococcaceae）和梭菌（Clostridium）；乳酸杆菌（Lactobacillus）在出生后24h可见活性；第2天观察到大肠杆菌（Escherichia coli）、弗氏志贺菌（Shigella flexneri）、索氏乳杆菌（Lactobacillus sobrius）、罗伊乳杆菌（Lactobacillus reuteri）和嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acidophilus）的存在；拟杆菌（Bacteroidetes）最晚在出生后第4天出现。好氧菌的数量在出生后7天左右增加，然后显著减少，有利于厌氧菌的生长。产后肠道微生物群有3个基本作用，包括保护、代谢和营养作用。首先，微生物通过竞争排斥起到对抗病原微生物的屏障作用；其次，微生物有助于母乳的消化吸收和新陈代谢，分解毒素和药物，合成维生素和吸收离子；最后，微生物支持肠腔上皮细胞的生长和分化，支持免疫系统的发育和稳态。产后因素，如喂养方式（自然哺乳与代乳奶粉）、水源水质、压力应激、生物防控和药物使用，都会影响细菌的定植种类，从而改变微生物群发挥这些功能的方式。尽管猪肠道微生物群的多样性受到各种外部因素的影响，但决定产后最初微生物定植的直接因素是母乳和环境，母乳中主要含有丰富的乳酸杆菌（Lactobacilli）和双歧杆菌（Bifidobacterium）。  3 母乳
母乳含有大量乳源微生物，是建立肠道微生物群的重要产后因素。猪只出生具有相对较低的身体能量储备，并且由于猪胎盘的上皮绒毛膜性质，仔猪出生具有相对较低的免疫抗病能力。这意味着，对于仔猪来说，产后立即吮吸初乳（250g以上/头）对生存和健康至关重要。初乳不仅能提供热量、能量和免疫力，还能建立共生微生物。仔猪获得初乳的能力在很大程度上取决于出生时的体重，随着行业推动提高母猪的高产性，每窝分娩更多的新生仔猪，低出生体重仔猪的比例增加。由于哺乳仔猪的体重增加与摄入的初乳和常乳量高度相关，因此研究结果表明，母乳摄入量在出生后的前2周会影响肠道微生物群的发育。
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