传染性支气管炎病毒（IBV）在中国的流行历史

IBV参考毒株的143个S1基因序列被聚类成具有30个GI谱系的GI-GIX基因型。中国所有支线均突出显示。

腺胃型IBV QX株于1996年首次从青岛病鸡群中分离得到，代表株LX4于1999年从新疆病鸡中分离得到，与韩国肾病分离株KM91具有高度的核苷酸相似性。后来，一些与QX样毒株相似的IBV毒株被鉴定出来，并成为中国的优势流行毒株。随后，类似的病毒于2001年在东欧和其他欧洲国家包括英国。

现在，QX 样型 IBV 作为 GI-19 组的成员，由于其广泛的流行和分布以及与疫苗株和现场毒株的重组，代表了全球最重要的 IBV 基因型之一。从接种 H120 和 4/91 疫苗的鸡中分离到一株新型低毒力呼吸道 IBV ck/CH/LJX/2017/07（简称 JX17），并被证明是 QX、TW 和 4/91 基因型菌株的重组株。一种高毒力的 QX 样 IBV 菌株 CK/CH/JS/TAHY 显示出典型的临床症状，包括咳嗽、流鼻涕和伴有严重尿酸盐沉积的肾脏损伤。QX样IBV新株不仅可以从具有严格免疫程序的集约化家禽养殖场中分离出来，而且还表现出多种临床症状，这表明很难根据组织向性来区分变种。

第一个已知的4/91（也称为793/B和CR88）血清型分离株于1985年在法国分离出来，然后于1990年冬天进入英国（8,36,37）。随后，这种血清型在大多数欧洲国家和世界许多其他地区流行，但其结构和抗原性似乎没有显着改变，因为最初设计的疫苗继续提供有效的免疫力。2003年，中国分离出第一个4/91血清型毒株，分离株命名为Taian-03（也称TA03）。此后，4/91血清型病毒株被发现并在中国流行（39）。更重要的是，4 / 91疫苗和野毒株涉及的基因重组导致了几种新毒株的出现，并进一步增加了传染性支气管炎病毒的遗传多样性和复杂性。

新型GI-28分离株CK/CH/SCMY/160315被发现是源自减毒活疫苗株H120（GI-1）、4/91（GI-13）、LDT3-A（GI-13）的多重重组株。 28) 和现场菌株 LJL/08–1 (GI-19) 。很可能，IBV 株 ck/CH/LHLJ/140906 也是亲本 IBV 株 4/91 和 H120 的天然重组株。先前的研究表明，4/91型毒株更容易发生重组，因此4/91型疫苗应谨慎使用。

TW基因型是一种重要的基因型，最近开始成为中国大陆最常见的基因型。IBV台湾株分为TW-I和TW-II基因型，并归入同一谱系GI-7。由于台湾和中国大陆之间的地理障碍，IBV台湾株在进化上与中国大陆的IBV分离株不同。20世纪90年代以后，中国大陆经常分离到具有典型肾炎症状的TW-I基因型菌株。以呼吸道症状为特征的TW-II基因型毒株是20世纪90年代前从中国台湾分离出来的，目前在中国大陆分离到该基因型病毒很少见。自2009年以来，中国大陆TW-I基因型IBV的患病率从7.5%（2009-2010年）上升至27.4%（2013-2015年）。值得注意的是，由于广泛疫苗接种和近距离的选择性压力，TW-I 基因型在中国南方三个省份广东、广西和福建占主导地位。

中国的基因型 I IBV 中增加了两种新的血清型。根据S1序列分析和病毒交叉中和试验的结果，发现IBV毒株ck/CH/LGX/111119在遗传和抗原性上与其他已知IBV类型不同，并命名为GI-28。它是一种具有更广泛组织嗜性的肾病菌株，可能是 LX4 基因型 (GI-19) 和尚未鉴定的 IBV 的重组 。随后，在中国不同地区分离到许多GI-28基因型IBV毒株，如CK/CH/SCMY/160315毒株和GX-NN-13毒株。另一种新基因型（GI-29）IBV毒株，包括γCoV/ck/China/I0111/14、γCoV/ck/China/I0114/14和γCoV/ck/China/I0118/14，是从中国南方广西分离得到的。是三种肾病致病菌株。

GVII-1基因型是中国另一个新的IBV谱系。GX-NN130021株是2013年从中国广西省接种H120疫苗的疑似IBV阳性21日龄病鸡中分离得到的，被定为新I型。2016 年 1 月至 2017 年 12 月中国禽 IBV 遗传多样性流行病学研究显示，根据 S1 基因全核苷酸序列分析，发现与 GX-NN130021 株高度同源的新变种 I0636/16。直到2019年，基于详细的系统发育分析和序列比较，I0636/16和GX-NN130021菌株均被分为GVII-1基因型。同时，病毒交叉中和结果显示GVII-1与目前的基因型谱系在抗原性上有所不同。GVII-1基因型已在中国流行9年。

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