我国田间发现低致死率非洲猪瘟基因 II 型自然变异流行株

  将 22 株 ASFV 分离株的 EP402R 基因（编码 CD2v 蛋白）序列与我国第一株强毒分离株 HLJ/18 基因组序列比较分析发现，有 11 株病毒存在核苷酸突变或 缺失：HLJ/HRB1/20 病毒在其 EP402R 基因的第 43-67 位缺失 25 个核苷酸；9 株病毒（HLJ/JMS3/20、HLJ/JMS5/20、HLJ/JMS9/20、HLJ/JMS11/20、HLJ/BLA3/20、 HLJ/BLA6/20、HuB/1/20、HuB/4/20 以及 HuB/SP1/20）存在 G131A 突变， 此 外，三株湖北分离株还存在 G178A 和 G242A 的突变；HeB/Q3/20 存在 C301T 突 变（图1）。这些突变或缺失导致病毒 CD2v 蛋白翻译提前终止，不能编码出完 整有功能的 CD2v 蛋白。CD2v 是病毒吸附红细胞活性（HAD）所必须的重要蛋 白 ，通过 HAD 试验证实所有 CD2v 蛋白翻译提前终止的突变株均丧失红细胞吸 附能力（表1）。

  MGF_110-1L 位于非洲猪瘟病毒基因组高变区，分析发现分离株的 MGF_110-1L 基因呈现一定的多态性（图2）。系统进化树分析显示，17 株病毒 与 HLJ/18 在一个分支，湖北分离的 3 株（HuB/1/20、HuB/4/20 以及 HuB/SP1/20）及 HLJ/HRB1/20和HeB/Q3/20 在另一个分支，而 HLJ/HRB1/20 和 HeB/Q3/20 又 处在该分支的不同位置（图2A）。其中第二个分支五株病毒的 MGF_110-1L 第 654 至 649 位核苷酸序列不同于其他毒株，该片段可能来源于病毒基因组的其他部位，从而发生了小片段的替换。这种替换使五株病毒的 MGF_110-1L 蛋白与其他病毒相比多了 73 个氨基酸（图 2C）。此外，与 HLJ/18 相比，所有分离株在 MGF_110-14L 基因中都有 1-6 个 C 缺失或插入（图1）；六株病毒在 CP530R、 O174L 或 E199L 基因具有单点突变（图1）；HLJ/BY2/20 和 JL/1/20 病毒在 I173R 和 I329L 基因之间插入了 10 个核苷酸的串联重复序列（TRS）（图1）。

  图 1. 2020 年中国 22 株田间分离的 ASFV 存在核苷酸插入、缺失、突变和替换

      将 22 株 ASFV 的 8 个 ORF 或相关区域与中国第一株 ASFV 分离株 HLJ/18（Pig/HLJ/2018）相应 序列进行比对。ORF 或区域的名称标注于每部分的上方。
  文献证明 A238L基因能抑制 NF-κB 和 NFAT 介导的先天免疫反应，进而逃 避宿主免疫应答。序列分析发现，HLJ/HRB1/20病毒A238L基因的536-549位 发生 14 个核苷酸的缺失，造成其自 179 位氨基酸开始移码，与其它毒株相比增 加了 4 个氨基酸（图1）。对 HLJ/HRB1/20 进行全基因组序列测定（GenBank 登 录号 MW656282），分析发现其基因组上没有明显的人工改造标记，如报告基因或标签等。

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