直接饲喂微生物和发酵制品生产菌株鉴定及其安全性评价指南

5.6 生产菌株的遗传修饰

若发酵制品生产菌株为《农业转基因生物安全管理条例》《农业转基因生产安全评价管理办法》中定义的转基因微生物，应对菌株遗传修饰信息进行如下描述。

5.6.1 遗传修饰目的

说明遗传修饰的目的，以及遗传修饰后微生物表型和代谢相关的特性及其变化。

5.6.2 遗传修饰的序列特征

详细描述插入、缺失、碱基对置换或移码突变等遗传修饰的序列特征。

5.6.2.1 插入序列

转基因微生物的插入序列可来自于特定生物体，也可以通过设计获得。当插入的 DNA 是由不同来源的序列组合而成时，应分别提供每条序列的相关信息。

（1）来源于特定供体的 DNA

提供供体生物属和种水平的分类学信息。若序列来自环境样品，应提供与其最近的直系同源基因。对插入序列的描述应包括以下内容：

——所有插入元件的核苷酸序列，包括功能注释以及所有功能元件的物理图谱；

——插入元件的结构和功能，包括编码和非编码区；

——编码蛋白质的名称，推导的氨基酸序列和功能，提供编码酶的 EC 编号（如有）。

（2）设计序列

设计的序列是自然界中未知存在的基因序列，如密码子优化基因、合理设计嵌合/合成基因或包含嵌合序列的基因等。描述应包括以下内容：

——设计原理和策略；

——DNA 序列和功能元件的物理图谱；

——推导氨基酸序列和编码蛋白质的功能；

——应通过与最新数据库（如 ENA、NCBI、UniProt 等）比对,确定重组蛋白的功能结构域，并描述数据库中与插入序列相似性最高的蛋白信息。

5.6.2.2 缺失序列

对有意缺失的序列进行描述，并说明预期效果。

5.6.2.3 碱基对替换和移码突变

应对引入的碱基对替换和/或移码突变进行说明，并说明其预期效果。

5.6.3 遗传修饰的结构

推荐采用 WGS 进行生产菌株遗传修饰结构的特征分析。

5.6.3.1 WGS 分析遗传修饰结构

对于新饲料添加剂申报、进口饲料添加剂登记及其他需要依照新饲料、新饲料添加剂评审程序评审的产品，细菌应利用 WGS分析其遗传修饰的结构特征。应提供包括遗传修饰的所有基因组区域（染色体、重叠群或质粒）图谱或/图示的详细说明，包括：

——插入、修饰或缺失的 ORF。应详细描述每个 ORF 的基因产物信息，至少包括氨基酸序列、功能和代谢作用。重点描述引入的关注基因，包括产毒、产临床相关抗菌药物、耐药性等相关基因。

——插入、缺失、修饰的非编码序列。对序列（如启动子、终止子等）的作用和功能进行描述。

上述分析可通过比较转基因微生物与未经修饰的亲本/受体菌株的 WGS 完成。应对用于分析和比较的序列/数据库及方法进行详细说明。

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