（1）ELSIA的适用范围
① 稳定场的免疫程序评价
如首免日龄的确定，通过抗体检测可确定母源抗体是否存在干扰及最佳的免疫日龄（本质上疫苗也是弱毒，会消耗母源抗体，如母源抗体过高将完全中和疫苗毒，则不仅未产生免疫反而降低了母源抗体保护）。
② 检测疾病的感染率
仅适用于未做某种疫苗的疾病的感染状态评估（伪狂犬除外）。如猪场未做蓝耳疫苗免疫，可通过检测不同日龄段的仔猪的蓝耳抗体阳性率，确定猪场是否存在蓝耳病毒的水平传播。
③ 不稳定场通过检测抗体判断是否发病
是可以通过离散度和抗体滴度判定的，但这需要较多的实践经验和针对本场的大量的样本分析，一般花费极高。由于病原感染和疫苗免疫均可以产生抗体，因此当疫情来临时，通过ELISA不能判定哪些抗体是疫苗产生的，哪些是病原产生的，因此必需结合病原检测（PCR）结果才能确诊。在此声明不推崇通过ELISA检测的数值高低就判断猪群是否爆发疾病，特别是样本数量较少时随机性太大。
（2）ELISA检测的误区和建议
① 抗体检测需要足够的样本数
一般母猪群样本数至少10%，才能反映总体的情况，样本数过少，随机性太大，容易误读。
② 样本应具有代表性，采样应参照免疫程序
如伪狂犬采样，可按照母猪胎次及仔猪日龄段采样，采样的仔猪日龄应参考猪场的免疫程序及疫苗免疫持续期规律，通过对这些数据的分析能判断猪场是否存在病毒的水平或垂直传播，及感染的起始时间，这些数据对免疫程序调整非常具有价值。
③ 周期性的抗体检测数据更有价值
抗体检测应具有周期性，最好每季度检测一次。通过对比近期数据与前几年同时期的数据，对于猪场的科学决策具有参考价值。
2、聚合酶链式反应（PCR或RT-PCR）及基因序列测定
PCR检测针对的是病原，更具有针对性，是确诊的重要依据。基因测序可确定猪场内病毒流行情况（毒株种类和比例），基因测序的前提是进行PCR检测。但PCR操作有难度，对人员素质和实验条件要求高，此外有时需采用多种方法确诊，因此做PCR必需还有责任心，大型规模化场从数据真实准确的角度上考虑也需要考虑配置，如不能配置也需要有可靠的合作单位。
（1）优点：针对性强、可确诊；可区分野毒与疫苗毒；q-PCR可确定病毒载量，确定发病的主因。
缺点：操作复杂，需专业人员操作；要求较高，专业人员需要有深厚的分子生物学基础，了解病原的基因结构，此外还需要有方法的支持（针对不同病原，不同基因型的多套可靠的引物序列）。
（2）PCR及测序适用范围
① 疾病诊断，确定多种病原，适用于分析发病的主因。
② 通过测序可确定病原基因型，便于对症用苗；对蓝耳的免疫尤为重要（不同毒株的蓝耳交叉保护力差）。
（3）注意事项
① 不稳定场首先应考虑采用PCR检测病料。
② PCR检测应保证病料的新鲜，路途较远时需冷冻后送检。
③ 检测时避免污染，实验室中应有相应的设施确保不出现气溶胶污染。
（4）重点病料
① 脐带血：脐带血检测用于分析母猪流产原因（脐带血还可用于检测是否为霉菌毒素或药残引起的流产）。
② 胎衣及死胎：用于分离病原或检测流产原因。
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