伴随着公众的呼声，来自媒体的质疑也掷地有声。
就在死猪事件爆发之初，9日下午，新华社质疑上海市水务局的信息发布含糊，可信度不够。3月11日，潇湘晨报记者质疑农业部，"请问这种大规模疫情为何没有及时、主动地向公众披露和预警？"新浪网连发三问：谁扔死猪？责任在谁？岂能只限于查找死因？
3月18日，东方早报讯称，上海死猪打捞量已下降，9个水厂水质未见异常。然而，南方周末却据此顺势调查，挖出更多的旧病沉疴。3月21日，南方周末推出《猪祸黄浦江》调查，指出死猪漂流的背后，是上海周边水系污染、河道管理政出多门、跨界污染协调不力等乱象。
潮落：反思涛声依旧
质疑和反思是媒体的天职，也是推动社会进步的力量。
3月14日，南方农村报推出《方法与成本：话说死猪合法后事》报道，较为专业地分析了焚烧法、掩埋法和化制法的成本和利弊，并梳理了猪业各项补贴政策。4月1日，《农财宝典·畜牧版》对乱扔死猪的危害、责任和惩罚作出了梳理。
如今死猪事件尘埃落定，上万头被打捞出的死猪已无害化处理，而其中涉及到环境、道德、管理、法律等问题，也引发了各领域多方位的思考。
黄浦江死猪事件是一堂内容丰富的公共课。课中，政府信息公开的透明度和速度以及危机公关能力受到质疑；饲养业脱离监管、补贴政策不敌猪贩收购、猪场滥用抗生素等养殖乱象暴露；水源地保护困境、跨境流域管理老大难等旧病突显；公众也一度呼吁建立环保区域联动机制。课后，沪浙两地尝试打开跨域合作之门；嘉兴将调整养猪产业结构，引导当地养殖转型；生猪补贴政策将向死猪无害化处理倾斜；媒体也在信息潮中躬身反省。
"一些媒体报道断章取义，在未经证实的情况下进行夸大。这对于媒体的公信力是一个极大的挑战。" 曾参与报道嘉兴乱扔死猪现象的嘉兴日报记者戴纯青，在接受《农财宝典》记者采访时感慨说，"'没有调查就没有发言权'，无论是正面还是负面的报道，做好田野工作，以客观的角度记录并分析事件应该是第一位的。"
时至今日，在百度输入"黄浦江死猪事件"，140万条检索信息铺天盖地。当汹涌的媒体潮拍打着黄浦江死猪、席卷过公众舆论场，可以看到，官方和媒体也都还有很大的进步空间。
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